Scientology kirken er formet til en kirkelig struktur, der samler og koordinerer et væld af forskellige religiøse aktiviteter, herunder ikke kun det at levere Scientologys religiøse tjenester og praksis, men også hvervning af nye medlemmer, kirkelig ledelse, viderebringelse af kommunikation, produktion af dissemineringsmaterialer og mange andre funktioner. Således forenes Scientologys religiøse samfund af både fælles tro og praksis og en organisatorisk form, der er unikt tilpasset dets religiøse mission.
På de lavere niveauer i dette hierarki er individuelle field-auditorer, Scientology grupper og missioner involveret i at levere indledende auditering og uddannelse. På de øvre niveau leverer større organisationer i kirken de avancerede niveauer af auditering og uddannelse.
På internationalt niveau er der et system af kirkelig ledelse, som omfatter alle Scientology kirker. Fra Church of Scientology International gennem en række Kontinentale Forbindelseskontorer, der er ansvarlige for geografiske zoner, arbejder denne ledelsesstruktur med at støtte og koordinere for at sikre, at den åndelige filosofi og teknologierne Dianetics og Scientology er tilgængelige for alle, der ønsker at modtage dem, og at Scientology servicer anvendes nøjagtigt som fastlagt af L. Ron Hubbard.
Fordi Scientology skrifter kræver, at den religiøse praksis leveres på en ortodoks måde, er den hierarkiske struktur med til at sikre, at individuelle kirker modtager den kirkelige støtte og vejledning, der er nødvendig for at gøre dette. Alle Scientologer er således sikret en ortodoks religiøs overholdelse i enhver kirke i hele verden.
Hver enkelt Scientology kirke er oprettet som en separat enhed og ledes af sin egen bestyrelse. Bestyrelsesmedlemmerne og de ledende medarbejdere udgør også kirkens kirkelige ledelse og er fuldt ansvarlige for at stille kurser og auditering til rådighed for medlemmerne og det omgivende samfund.
